La Chiesa conserva diverse opere di varia natura e di varie epoche tra cui: dipinto su tela raffigurante S. Giovanni Battista (sec. XVII); dipinto su tela raffigurante S. Giuseppe e Gesù Bambino (sec. XVII); dipinto su tela raffigurante la Madonna del Rosario (sec XVII); dipinto su tela raffigurante la Madonna col Bambino (sec XVII); fonte battesimale in marmo rosso (sec XVII); acquasantiera in marmo (sec XVII); pulpito in legno intagliato (sec XVII); paliotto in marmo con l’immagine della Madonna del Rosario posto sull’altare absidale destro; paliotto in marmo con l’immagine del sacramento posto sull’altare absidale sinistro; tavola raffigurante S. Lucia, dipinta da Marco Antonio Veneziano e nella quale vi è l'iscrizione Marco Antonio Venetiano 1582 oc opus fieri fecit Pietrus Mortelliti di S. Lucia; affreschi della tribuna datati 1761 raffiguranti “Incoronazione della Vergine e Gloria della Chiesa” e “Storia di San Margherita”. Presso l'altare maggiore vi è una moderna e bellissima statua in legno di Santa Margherita, scolpita nel 1871 dall'artista messinese Michele Cangeri.